Hiiragi Utena sangat mengagumi gadis penyihir sampai mengkhayal isa berubah menjadi gadis pahlawan keren yang melawan kejahatan. Saat sesosok boneka mendekatinya di suatu malam, dia mengklaim bahwa dirinya mempunyai kekuatan sihir yang tidak aktif di dalam dirinya. Tubuhnya gemetar kegirangan. Namun, mimpinya yang penuh warna segera hancur dikarenakan dia berubah menjadi seorang penjahat. Meski tidak tertarik dengan kejahatan dan saat mencoba berhenti ketika sekelompok gadis penyihir muncul dan menyatakan perang. Pertempuran pun tak bisa dielakkan dan Hiiragi menyadari bahwa dia menikmati rasa sakit yang diderita orang lain. Mahou Shoujo ni Akogarete mengikuti Hiiragi saat ia memulai kehidupan barunya sebagai pemimpin para penjahat, bertarung melawan gadis penyihir dan menikmati sifat sadis yang baru ditemukannya.